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一、分公司能不能對外簽署協(xié)議？
分公司是總公司的分支機構，法律上并非完全獨立的法律主體，經(jīng)營(yíng)上通常是相對獨立的經(jīng)營(yíng)主體；當然實(shí)務(wù)中也有只承擔某一項經(jīng)營(yíng)職能，如倉儲、營(yíng)銷(xiāo)等單一職能，而不是全面從事經(jīng)營(yíng)活動(dòng)的分支機構。但大多數的分支機構設立的意義和價(jià)值就在于能夠作為相對獨立的經(jīng)營(yíng)主體存在。
即使是獨立從事經(jīng)營(yíng)活動(dòng)的分公司，也不是獨立的法律主體，不具有獨立承擔民事權利和民事義務(wù)的能力，因此嚴格來(lái)講，不能夠獨立對外簽署協(xié)議，應由總公司簽署協(xié)議，交由分公司負責實(shí)施。但實(shí)務(wù)中也出現諸多分公司直接簽署協(xié)議的情況，建議拿到總部授權簽署協(xié)議的手續。
二、分公司是否單獨建賬，獨立核算，獨立收款？
分公司的重要風(fēng)險點(diǎn)在于是否獨立核算的選擇，一般獨立經(jīng)營(yíng)某項業(yè)務(wù)或某個(gè)區域業(yè)務(wù)都應當獨立核算，否則不需要獨立核算，而這也成為分公司后續財稅實(shí)務(wù)的重大分水嶺。站在稅務(wù)機關(guān)角度，獨立核算與否非常關(guān)鍵。
非獨立核算分公司意味著(zhù)不獨立從事經(jīng)營(yíng)活動(dòng)，通常只是總部的一個(gè)部門(mén)業(yè)務(wù)的延伸，這樣的話(huà)不需要獨立核算，自然不存在單獨財稅實(shí)施的問(wèn)題，增值稅和所得稅都回到總部統一繳納即可；稅務(wù)機關(guān)不喜歡非獨立核算分公司的原因正在于此。
獨立核算分公司是分公司運營(yíng)的主流，至少占分公司數量八成以上。，自然應當會(huì )計上單獨建賬，單獨核算自身收入、成本、費用，形成自身會(huì )計利潤；但不需要核算實(shí)收資本項目，總公司給分公司的啟動(dòng)資金只需要同總公司形成往來(lái)即可。
獨立核算分公司通常應該有獨立賬戶(hù)，針對自身業(yè)務(wù)獨立收款或獨立對外支付款項，實(shí)務(wù)中如果總部統一收款或總部統一對外支付款項亦可，不違背三流合一原則，但需要在協(xié)議中注明資金支付的細節。
三、分公司如何繳納增值稅？
獨立核算分公司應在分公司注冊地稅務(wù)機關(guān)單獨交納增值稅，形成獨立的增值稅納稅主體，這同樣帶來(lái)一個(gè)重要問(wèn)題：分公司和總公司之間資產(chǎn)、產(chǎn)品的調撥將會(huì )涉及增值稅視同銷(xiāo)售問(wèn)題，比如說(shuō)，總公司將車(chē)輛撥給分公司使用，按照現行增值稅要求需要視同銷(xiāo)售，總公司確認銷(xiāo)售收入和銷(xiāo)項稅，分公司確認資產(chǎn)和進(jìn)項稅，但實(shí)務(wù)中一片混亂，大多數公司將資產(chǎn)調撥給分公司使用并未按照增值稅要求視同銷(xiāo)售，直接拿過(guò)來(lái)用，當然從終增值稅的結果來(lái)講是平衡的，但按照稅法規定并不規范。
非獨立核算分公司通常并不獨立從事經(jīng)營(yíng)活動(dòng)，這樣的話(huà)就不可能有自己的收入，也不存在獨立繳納增值稅的問(wèn)題，將它理解為總部的一個(gè)外派部門(mén)好了。
四、分公司如何繳納企業(yè)所得稅？
這是一個(gè)復雜而頭疼的問(wèn)題。還是先說(shuō)說(shuō)簡(jiǎn)單的非獨立核算分公司，既然不獨立從事經(jīng)營(yíng)活動(dòng)，也沒(méi)有自己獨立歸集的收入、成本和費用，當然不存在獨立交稅問(wèn)題，不涉及企業(yè)所得稅，而是將支出并入總部統一計算應納稅所得額，在總部所在地稅務(wù)機關(guān)正常申報繳納企業(yè)所得稅。
獨立核算分公司獨立經(jīng)營(yíng)，獨立建賬，獨立繳納增值稅，但仍然不是獨立的所得稅納稅主體，我們國家的企業(yè)所得稅納稅主體嚴格遵照法人制的標準執行，因此計算所得稅依然需要整個(gè)企業(yè)（包括總公司和所有分公司）統一合并計算，然后分為兩種情況區別對待：
——省內分公司除有特殊規定之外，應直接回到總部統一繳納企業(yè)所得稅；
——跨省分公司應將全部應交所得稅在總部和分公司之間進(jìn)行分割，總部50%，所有分公司再分配繳納剩余50%。分公司之間要按照上年度分支機構的營(yíng)業(yè)收入、職工薪酬和資產(chǎn)總額三個(gè)因素計算各自應分攤繳納的企業(yè)所得稅，具體計算非常繁雜，此處略去。
實(shí)務(wù)中大的麻煩是各地稅務(wù)機關(guān)可能為了稅源的需要，常常要求分公司直接在當地繳納所得稅，按照稅法的基本要求肯定是不可以的，但實(shí)務(wù)中較為常見(jiàn)，企業(yè)在稅務(wù)機關(guān)的夾縫中也頗為無(wú)奈。
五、分公司的法律責任和風(fēng)險能否自行承擔？
分公司不是獨立的法律主體，在法律上不能脫離總公司獨立存在，出現風(fēng)險也會(huì )100%傳遞給總公司，同總公司之間是一種風(fēng)險的無(wú)限連帶責任；如實(shí)務(wù)中分公司債務(wù)必然導致整個(gè)公司出現風(fēng)險甚至賬戶(hù)查封。因此，設立分公司一定要小心風(fēng)險問(wèn)題，尤其是很多聯(lián)營(yíng)或者掛靠狀態(tài)下的分公司，實(shí)際處于失控狀態(tài)，出現風(fēng)險總部不得不全部兜底，得不償失。
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